MIT kimyagerleri SARS-CoV-2 virüsünde bulunan bir proteinin moleküler yapısını belirlediler. Zarf proteini E adı verilen bu protein, katyon seçici bir kanal oluşturuyor ve virüsün kendisini çoğaltma becerisinde ve konak hücrenin enflamasyon tepkisini uyarmada önemli bir rol oynuyor.
MIT’de bir kimya profesörü olarak görev yapan Mei Hong, eğer araştırmacılar bu kanalı bloke etmenin yollarını bulabilirlerse virüsün patojenezitesini azaltabileceklerini ve viral replikasyona müdahale edebileceklerini söylüyor.
Nature Structural and Molecular Biology’de yayınlanan çalışmanın araştırmacılarından olan Hong, “Bulgularımız tıbbi kimyagerlerin bu kanalı yüksek bir duyarlılıkla hedef alan alternatif küçük moleküller tasarlaması için faydalı olabilir,” diyor.
Protein Nükleer Manyetik Rezonans Spektroskopisiyle Analiz Edildi
Araştırmacılar E proteinini iki buçuk ay içinde klonladılar ve saflaştırdılar. Bu proteinin yapısını belirlemek için, onu bir lipit çift katmanın içine yerleştirdiler ve sonra onu Nükleer Manyetik Rezonans (NMR) Spektroskopisiyle analiz ettiler ve NMR spektrumlarını iki ay boyunca, aralıksız olarak ölçtüler.
Hong ve meslektaşları, lipit çift katman içindeki E proteinin bir kısmının bir araya toplanarak beş sarmaldan oluşan bir demet haline geldiğini, bu demet içindeki sarmalların büyük ölçüde hareketsiz kaldığını ve dar bir kanal oluşturduğunu buldular.
Araştırmacılar ayrıca, kanalın bir ucunda, kalsiyum gibi pozitif yüklü iyonları kanala çekebilecek olan bazı amino asitler de tespit ettiler. Araştırmacılar bu çalışmada bildirdikleri bu yapının kanalın kapalı hali olduğuna inanıyorlar ve şimdi de açık halinin yapısını belirleyerek, kanalın nasıl açıldığını ve kapandığını açıklığa kavuşturmayı umuyorlar.
Orijinal makale: MIT News
